Η κλήρωση για τη φάση των «16» του UEFA Conference League 2024/25 πραγματοποιήθηκε στις 21 Φεβρουαρίου 2025. Οι πρώτοι αγώνες θα διεξαχθούν στις 6 Μαρτίου και οι επαναληπτικοί στις 13 Μαρτίου 2025. Ακολουθούν τα ζευγάρια των αγώνων:
Πρώτοι Αγώνες:
Πέμπτη 6 Μαρτίου 2025:
- Γιαγκελόνια vs. Σερκλ Μπριζ
- Μόλντε vs. Λέγκια Βαρσοβίας
- Τσέλιε vs. Λουγκάνο
- Πάφος vs. Τζουργκάρντεν
- Παναθηναϊκός vs. Φιορεντίνα
- Μπόρατς Μπάνια Λούκα vs. Ραπίντ Βιέννης
- Ρεάλ Μπέτις vs. Βιτόρια Γκιμαράες
- Κοπεγχάγη vs. Τσέλσι
Επαναληπτικοί Αγώνες:
Πέμπτη 13 Μαρτίου 2025:
- Σερκλ Μπριζ vs. Γιαγκελόνια
- Λέγκια Βαρσοβίας vs. Μόλντε
- Λουγκάνο vs. Τσέλιε
- Τζουργκάρντεν vs. Πάφος
- Φιορεντίνα vs. Παναθηναϊκός
- Ραπίντ Βιέννης vs. Μπόρατς Μπάνια Λούκα
- Βιτόρια Γκιμαράες vs. Ρεάλ Μπέτις
- Τσέλσι vs. Κοπεγχάγη
Ο Παναθηναϊκός θα αντιμετωπίσει τη Φιορεντίνα, με τον πρώτο αγώνα να διεξάγεται στο ΟΑΚΑ στις 6 Μαρτίου και τον επαναληπτικό στο «Αρτέμιο Φράνκι» στις 13 Μαρτίου. Η Φιορεντίνα έχει φτάσει στον τελικό της διοργάνωσης τις δύο τελευταίες χρονιές, γεγονός που καθιστά την αναμέτρηση ιδιαίτερα απαιτητική για την ελληνική ομάδα.
Οι νικητές αυτών των αναμετρήσεων θα προκριθούν στα προημιτελικά, με τους αγώνες να είναι προγραμματισμένοι για τις 10 και 17 Απριλίου 2025. Η κλήρωση για τα προημιτελικά και τα ημιτελικά πραγματοποιήθηκε επίσης στις 21 Φεβρουαρίου 2025, καθορίζοντας τις διασταυρώσεις μέχρι τον τελικό. Ο τελικός θα διεξαχθεί στις 28 Μαΐου 2025 στο «Stadion Wrocław» στο Βρότσλαβ της Πολωνίας.